6月9日16点，2016赛季亚冠联赛1/4决赛对阵抽签仪式，在吉隆坡希尔顿酒店进行。经过抽签，上海上港对阵全北现代（先主后客），山东鲁能再次遭遇小组同组对手首尔FC（先客后主）。
进入亚冠8强的球队分别是：上海上港、山东鲁能、全北现代、首尔FC、塔什干火车头、纳斯尔、艾因、多哈军团。
根据2016亚冠规程，8强战抽签对阵将不设种子队，同时没有同国回避原则，同时在决赛之前，东西亚球队将不会碰面。也就是说，在8强中可能出现中国、韩国、阿联酋3场德比内战。
经过抽签，1/4决赛对阵形势为：艾因-塔什干火车头、多哈军团-纳斯尔、上海上港-全北现代、首尔FC-山东鲁能，排在前面的球队先打主场。
根据赛程安排，亚冠1/4决赛两回合时间分别是：首回合8月23/24日，次回合9月13/14日。半决赛两回合时间分别是：首回合9月28日，次回合10月19日。
此外，在亚冠对阵抽签前，还确定了决赛的主客场顺序。抽签结果是东亚冠军先打主场，西亚冠军后打主场。本赛季亚冠决赛两回合，将在11月19日和26日进行。
